这项规定在当时看来其实是无可厚非的，因为在克隆人军队的存在被曝光出来之后，大家发现这支军队的创立，上面的签名赫然是绝地大师塞弗迪亚斯。所以银河共和国内部普遍认为是绝地武士团建立的这支军队，那么现在由绝地武士团来率领这支军队，自然是顺理成章的事情。
在大共和国军成立之后，共和国议长希夫帕尔帕廷成为这支军队名义上的最高领导，但大部分时候他都是将指挥权交给绝地武士团。也正是这个行为，让希夫帕尔帕廷在议会当中赢得了不少的掌声，许多人认为这是他不贪恋权力，主动分权的大度行为。
然而那时候却没人知道，绝地武士团的覆灭，正是从得到大共和国军的指挥权开始的。
战争当中，绝地武士为了维护银河共和国的和平与统一，抛头颅洒热血，战斗在第一线，因为他们的英勇作战，带给了银河共和国一次又一次的胜利。为此，也有大批绝地武士在战争当中壮烈牺牲。
但是他们得到的，却并不是鲜花和掌声，而是越来越多的非议。因为战争不可能总是胜利，所以在每一次失败的时候，受到谴责的总是绝地武士——因为你总不可能去指责那些为了战争才创造出来的克隆人士兵吧？
并且由于几乎所有的战斗都有绝地武士在场，所以战争造成的伤害，也被算在绝地武士团的头上。有城市的摧毁，有平民被波及，有星球饥荒……虽然绝地武士团已经竭尽所能的避免这一切的发生，但人力终究有限，席卷了整个银河系的战争，远远不是那时候只有大约不到两万人的绝地武士团可以承担的。
绝地武士，在这时候就成为了战争的代名词。他们失去了曾经仲裁者的身份，地位也不再超然。他们开始深入政治，深入军队，同时也不可避免的，深入经济。于是他们就开始触碰到了一些阶层的核心利益，比如核心圈的贵族豪门。
绝地武士团的声望也随之一落千丈，讽刺的是，他们在战场上越是胜利，他们的声望就越是不堪。
签字建立这支军队的，是绝地大师塞弗迪亚斯，这是绝地武士团绕不过去的一道坎。正是这件事，让绝地武士团背上了发动战争的恶名。再加上他们的前线指挥，所以所有跟战争有关的罪责，就都被扣在了绝地武士团身上。
更加糟糕的是，随着克隆人战争的逐渐深入，战争也变得越来越不可控。为了确保战争的胜利，轨道轰炸的方案开始被摆上台面。许多战场上，如果不进行轨道轰炸，几乎无法战胜那些城市当中几乎到处都是的战斗机器人。
但是轨道轰炸，却是被明确作为一种反文明、反社会的行为而被禁止的。因为无休止的轨道轰炸，只会让一颗又一颗的宜居行星变成一片废墟，长此以往，这个银河系哪里还有生命的容身之处？
哪怕现在已经有了较为发达的大气改造技术，但宜居行星之所以是宜居行星，星球天然的位置占据了99的因素。一颗星球如果距离恒星稍进或者稍远，先天就不足以成为宜居行星，再怎么改造，上限也仅仅只是勉强能住人而已。
所以轨道轰炸就成了冒天下之大不讳的事情，绝地武士团自然是坚决反对。但偏偏这时候，希夫帕尔帕廷下达了一项法令，允许大共和国军进行轨道轰炸，但前提是必须得到绝地武士指挥官的签字才行。
表面上看这是充分尊重绝地武士团的决定，但实际上，又是把绝地武士团推到了刀尖之上！
而绝地武士团，也就是在这时候，开始分裂的。